[ス]練習問題（第七章）

授業スライド「07パターン認識入門」の練習問題の解答例です。


•align.rbを完成させて、ATAGとAACのアラインメントを求めよう。

（青色が省略されていた部分）

def  align(s,t)

  m=s.length()

  n=t.length()

  a=make2d(m+1,n+1)

  for  j  in  1..n

    a[0][j] = a[0][j-1] + g()

  end

  for  i  in  1..m

    a[i][0] = a[i-1][0]+g()

  end

  for  i  in 1..m

    for  j  in  1..n

      x = a[i-1][j] + g()

      y = a[i][j-1] + g()

      z = a[i-1][j-1] + q(s[i-1],t[j-1])

      a[i][j] = max(x,max(y,z))

    end

  end

  a

end

•RNase_P.rbをロードすると、文字列を返す（引数なしの）関数seq0()とseq1()が定義される。これらのアラインメントを求めよう。

やってみそ。241になります（右下の要素）

参考までに、traceback(a,s,t)の完成形

def  traceback(a,s,t)
  u = ""
  v = ""
  i = s.length()
  j = t.length()
  while  i>0 || j>0
    if  j>0 && a[i][j] = a[i][j-1] + g()
      u = "-" + u
      v = t[j-1..j-1] + v
      j = j-1
    else
      if  i>o && j>0 && a[i][j] == a[i-1][j-1] + q(s[i-1],t[j-1])
        u = s[i-1..i-1] + u
        v = t[j-1..j-1] + v
        i = i-1
        j = j-1
      else
        if  i>0 && a[i][j] = a[i-1][j] + g()
          u = s[i-1..i-1] + u
          v = "-" + v
          i = i-1
        end
      end
    end
  end
  [u,v]
end